Vor über 50 Jahren konnte die Sekundarschule Hüttwilen zusammen mit den Primarklassen das Schulhaus beziehen, das noch heute den Eingangsbereich der Anlage „Burgweg“ bildet. Ergänzt durch die neu gebildete „Abschlussklasse“ entstand anfangs der 60er-Jahre bereits ein kleines „Oberstufenzentrum“, lange bevor man im Thurgau damit begann, Sekundar- und Abschlussklassen (später Realschulen) in solchen Zentren zusammenzufassen.
Die beiden Stufen waren noch selbständig, aber die Schüler/-innen gingen ins gleiche Schulhaus, teilten den Pausenplatz, viele hatten den selben Schulweg. Die guten Erfahrungen, die man mit der Führung beider Oberstufenabteilungen „unter einem Dach“ machte, erleichterten später die Entwicklung zur heutigen „Durchlässigen Sekundarschule“, die keine Gliederung in Sek- und Realklassen mehr kennt.
Die Schüler/-innen besuchen ihren Fähigkeiten entsprechend den Typ G (grundlegende Anforderungen) oder E (erweiterte Anforderungen), die Fächer Mathematik und Englisch werden in drei Niveaus angeboten. Das Einzugsgebiet der rund 170 Schüler/-innen umfasst die Primarschulgemeinden Herdern-Dettighofen, Hüttwilen, Nussbaumen, Uesslingen-Buch und Warth-Weiningen. Die 9 bis 10 Klassen werden von etwa 17 Lehrpersonen (Voll- und Teilzeitpensen) unterrichtet. Seit 2004 ist eine Schulleitung verantwortlich für die pädagogische und organisatorische Führung des Schulbetriebs.
Besonderer Wert gelegt wird auf einen soliden und wirkungsvollen Unterricht, der es ermöglicht, die Schulabgänger/-innen mit einem „gut gefüllten Rucksack“ an höhere Schulen und in die Arbeitswelt zu entlassen, eine Zielsetzung, die auf den verschiedenen Anforderungsstufen in hohem Mass erreicht wird. „Fördern und fordern“ heisst der Leitsatz, der zum Erfolg führt. Der gute Ruf der Schule basiert zudem auf dem ausgezeichneten Arbeitsklima, der umsichtigen und geordneten Klassenführung und der zuverlässigen Informationspraxis, vor allem auch auf einer Schulkultur mit ganzheitlicher Bildung als Grundwert.
Das Schulhaus von 1956 war bald einmal vergrössert und durch weitere Bauten ergänzt worden: Turnhalle, Primarschulhaus, Mehrzweckhalle, Pavillon und der über eine Brücke verbundene „Bau 95“. Im März 2011 hat nun die nächste Etappe begonnen: Ein Neubau auf der Nordseite ersetzt den Pavillon und erweitert das Raumangebot. Er wird unter anderem eine neue Schulküche, ein Zeichnungszimmer und die Bibliothek aufnehmen, Platz schaffen für den heute viel zu kleinen „Mittagstisch“ und durch neue Klassenzimmer ermöglichen, dass im alten Gebäude räumliche Verbesserungen vorgenommen werden können: Gruppenräume, Informatik- und Lernraum, Musikzimmer, Schulleitung und Sekretariat. Ab 2012 wird der neue Trakt dem Schulbetrieb zur Verfügung stehen.
So wie die ganze Schulanlage über die Jahre zu einem vielgestaltigen Gebäudekomplex angewachsen ist, so hat sich auch die Schule selbst verändert und erneuert. Dennoch ist sie eine überschaubare Einheit geblieben, eine ländliche Schule, an der man sich kennt und an der sich Schülerinnen, Schüler und Lehrpersonen wohl fühlen.